ÁH-34_Metagenomikai elemzések

Description du marché

Célkitűzések: Jelen Kutatási Projekt célja a Debreceni Egyetem támogatása a HU-RIZONT "A vándormadarak szerepe az antimikrobiális rezisztencia terjedésében" című projekt megvalósításában az alábbi lépéseken keresztül: Az oxfordi partner hozzájárul a különböző részeibenprogram , különösen: (meta)genom szekvenálás; adatmenedzsment, kurálás és archiválás; adatbázis és in silico munkafolyamatok fejlesztése; bioinformatikai elemzések. A kulcsfontosságú hozzájárulások 5 tudományos munkacsomag részét képezik, további kapacitásépítéssel és tudásátadással. WP 1, Több helyszínen végzett keresztmetszeti felmérés a megfigyelőhelyeken Az Oxfordi Egyetem szerepet vállal a következőkben: i) több helyszínen végzett keresztmetszeti mintavétel koordinálása; ii) szabványosított protokollok kidolgozása a mintavételre, a biobankolásra és a metaadatok rögzítésére, biztosítva a minőséget és az összehasonlíthatóságot a mintavételi helyszíneken. WP 2, Mikrobiológia m etagenomika és d adatbázisok Az ürülékmintákat összegyűjtik, naplózzák és glicerinkészletként tárolják. Egy részhalmazt tenyésztéssel fogjuk azonosítani az enterális kórokozókat, beleértve a Campylobacter, Klebsiella, Salmonella, Shigella, E. coli és Vibrio kórokozókat Magyarországon, Svájcban és Németországban. A tenyésztett izolátumokból és a teljes származó DNS kivonatot székletmintákbólaz Oxfordi Egyetemre szállítják (megfelelő anyagátadási megállapodással, MTA), és az oxfordi csapat elvégzi a szekvenálást és a bioinformatikai vizsgálatokat. WP3, Forrásspecifikus genomikai markerek azonosítása Az oxfordi csoport genom-széles körű asszociációs vizsgálatokat (GWAS) fog alkalmazni a különböző forrásokban, például állatokban, élelmiszerrendszerekben és emberekben felülreprezentált gének azonosítására. Új bioinformatikai módszereket fognak alkalmazni a genomi variáció, a rekombináció és a koadaptáció feltárására. Ez segíteni fogja a forrásmeghatározáshoz szükséges genomikai markerek azonosítását. WP4, Kvantitatív forrásmeghatározás A genetikai markerek (gének, allélok, SNP-k) a metagenomból összeállított genomokban (MAG) azonosíthatják a törzsek eredetét. Az oxfordi csapat alkalmazva valószínűségi modelleket a genomikus markerek alapján rendelik az izolátumokat a forrásokhoz. konkrétan gépi tanulási módszerekkel Az oxfordi csapat (pl. AI-SOURCE), többek között Random Forest módszerrel számszerűsíti az asszociációkat a kockázatszámításhoz. WP5, Az AMR terjedésének modellezése és döntéstámogató eszközök Bayes-hálózatok és tér-időbeli adatok felhasználásával az oxfordi csoport azonosítani fogja az átviteli hálózatok hatékony beavatkozási pontjait. A jelen szolgáltatás a Kbt. 9. § (8) bekezdés l) pontjában felsorolt CPV kódok közül a 73100000-3 CPV kódhoz sorolható és a kivételi kör valamennyi feltétele teljesül, ezért Ajánlatkérő beszerzésének megvalósítására nem kell közbeszerzési eljárást lefolytatni.

Pouvoir adjudicateur